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La Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali (MM.FF.NN) è stata istituita nel 1993. Nella primavera del 2006 la Facoltà ha registrato un potenziamento decisivo delle strutture didattiche e scientifiche, con il trasferimento nella nuova sede di Pesche (a circa 3 Km dal centro di Isernia). Lo sviluppo della Facoltà è stato favorito dal carattere interdisciplinare delle competenze didattiche e scientifiche nelle aree di formazione e ricerca. La Facoltà dispone di laboratori e di tre strutture didattico-sperimentali rappresentate dal Museo dell’Erbario e dalla Banca del Germoplasma del Molise, presenti in sede e dal “Giardino della Flora Appenninica” a Capracotta (Isernia)